A melhor opção que achei é usar o timedelta, ja usei em outro exercicio e funcionou, está dando todas respostas do uDebug certas mas aqui da Wrong Answer(100%).

from datetime import timedelta

lixo1, day1 = input().split(' ')
ini_hora, ini_min, ini_seg = map(int, input().split(' : '))
lixo2, day2 = input().split(' ')
fim_hora, fim_min, fim_seg = map(int, input().split(' : '))

day1 = int(day1)
day2 = int(day2)

inicio = timedelta(days=day2 - day1, hours=fim_hora - ini_hora, minutes=fim_min - ini_min)
segundos = timedelta(seconds=fim_seg - ini_seg)

print('{} dia(s)'.format(inicio.days))
print('{} hora(s)'.format(inicio.seconds // 3600))
print('{} minuto(s)'.format((inicio.seconds // 60) % 60))
print('{} segundo(s)'.format(segundos.seconds))