Bom dia David

Quando a descrição pede para fazer um EOF, quer dizer que o programa so deve parar quando chegar o fim do arquivo, então quer dizer que você terá de ler/tratar/lidar com N linhas de arquivo e não tem uma entrada que gere o stop da execução

var input = require('fs').readFileSync('stdin', 'utf8');
var lines = input.split('\n');

você pode tratar da seguinte maneira, como vai ter que ler cada linha do arquivo, utiliza a função shift() que remove a primeira linha do array, e retorna ela caso seja necessário.

Cria um while para condicional que deve parar o programa ou quando lines.length === 0

Espero ter ajudado.

Costumo fazer da seguinte maneira e costuma funcionar! Existe alguns algoritmos que precisei tratar se a linha continha valor ... ai caso não tinha valor eu dava um simples break.

var input = require('fs').readFileSync('./dev/stdin/file.txt', 'utf8');
var lines = input.split('\n');

while (lines.length > 0) {
    let linha = lines.shift()
    // codigo
}