Criei este segundo algorítmo abaixo, mas o mesmo continua dando wrong answer 100%. Criei novos casos de teste e os mesmos deram certo. A validação ignora caracteres que não sejam '(' ou ')'...

Desde já, agradeço a atenção.

try {
            //Se o arquivo possui menos que 1 linha ou mais que 10000, return 
            LineNumberReader lineNumber = new LineNumberReader(new FileReader(filePath));

            lineNumber.skip(new File(filePath).length());

            if(lineNumber.getLineNumber() < 1 || lineNumber.getLineNumber() > 10000) {
                return;
            }

            //Leitura e validação das expressões
            BufferedReader fileBuffer = new BufferedReader(new FileReader(filePath));

            Stack<Character> stack = new Stack<Character>();
            boolean alreadyIncorrectFlag = false;
            String expression = "";
            String answer = "";

            while((expression = fileBuffer.readLine()) != null) {
                //Se a expressão possuir mais que 1000 caracteres, return
                if(expression.length() > 1000) {
                    return;
                } else {
                    //Valida a expressão
                    stack.clear();
                    alreadyIncorrectFlag = false;

                    for(int i=0; i < expression.length(); i++){
                        if(expression.charAt(i) == ')' && stack.isEmpty()) {
                            answer = "incorrect";
                            alreadyIncorrectFlag = true;
                            i = expression.length();
                        } else if(expression.charAt(i) == '(') {
                            stack.push(expression.charAt(i));
                        } else if(expression.charAt(i) == ')') {
                            stack.pop();
                        }
                    }

                    if(alreadyIncorrectFlag == false) {
                        if(stack.isEmpty()) {
                            answer = "correct";
                        } else {
                            answer = "incorrect";
                        }                       
                    }

                    System.out.println(answer);     
                }
            }
        } catch (IOException e) {
            System.out.println(e);
        }

Funcionou nos casos de teste do enunciado e em outros mais. Não consegui encontrar falha na lógica. Não vi necessidade de usar pilha, mas como o problema é de 'stack', presumi que o uso de pilha fosse obrigatório.

Primeiramente, valida se o arquivo tem mais de 10000 linhas, levando em consideração que não se aceitaria mais de uma expressão por linha. Caso tenha mais de 10000 linhas, dá um 'return' e para a execução. Após, valida se a expressão a ser analisada tem mais de 1000 caracteres. Se não tiver, é exibida a resposta 'correct' ou 'incorrect'. Caso a expressão tenha mais de 1000 linhas, dá um 'return' e para a execução. As expressões anteriores à incorreta tem a sua resposta exibida. Alguma ideia de qual seria o erro do meu algorítmo? Desde já, agradeço.